Σύμφωνα με το Μαρτύριό του ο Κύριλλος , το κοσμικό όνομα του οποίου ήταν Κυριακός, γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη το έτος 1544 μ.Χ., κατά την περίοδο της βασιλείας του σουλτάνου Σουλεϊμάν. Ο πατέρας του ονομαζόταν Πέιος, καταγόταν από την επαρχία Πελαγονίας και διέμενε με την οικογένεια του στην περιοχή της ακροπόλεως της Θεσσαλονίκης.
Μοναδική πηγή που διασώζει το Μαρτύριο και την ακολουθία του Οσιομάρτυρος Κυρίλλου είναι το αθωνικό χειρόγραφο 347 της μονής Διονυσίου. Πρόκειται για ένα κείμενο γραμμένο σε λόγια γλώσσα και κατά πάσα πιθανότητα αυτόγραφο έργο του ανωνύμου συντάκτη του Μαρτυρίου, χρονολογούμενο μεταξύ του τέλους του 17ου και των αρχών του 18ου μ.Χ. αιώνος.
Σύμφωνα με το Μαρτύριό του ο Κύριλλος , το κοσμικό όνομα του οποίου ήταν Κυριακός, γεννήθηκε στη Θεσσαλονίκη το έτος 1544 μ.Χ., κατά την περίοδο της βασιλείας του σουλτάνου Σουλεϊμάν. Ο πατέρας του ονομαζόταν Πέιος, καταγόταν από την επαρχία Πελαγονίας και διέμενε με την οικογένεια του στην περιοχή της ακροπόλεως της Θεσσαλονίκης.
Σε ηλικία δέκα ετών ο Κυριακός έμεινε ορφανός, με αποτέλεσμα να αναλάβουν την κηδεμονία του δύο θειοι του, συγγενείς της μητέρας του, εκ των οποίων ο ένας ήταν μωαμεθανός. Τελικά ο μωαμεθανός θειος του, ανέλαβε αποκλειστικά την κηδεμονία του και τον έστειλε σε κάποιον επίσης μωαμεθανό βυρσοδέψη για να μάθει κοντά του να εξασκεί αυτό το επάγγελμα.
Ωστόσο ο Κυριακός, ακλουθώντας τις συμβουλές του άλλου θείου του, ο οποίος ήταν ευσεβής χριστιανός, αποφάσισε να εγκαταλείψει κρυφά το μωαμεθανό κηδεμόνα του και να ακολουθήσει κάποιους αγιορείτες μοναχούς, που κατά αγαθή συγκυρία βρίσκονταν εκείνη την εποχή στη Θεσσαλονίκη. Σε ηλικία 14 ετών ο Κυριακός έφθασε στο Άγιο Όρος και εκάρη μοναχός στη μονή Χελανδαρίου, λαμβάνοντας το μοναχικό όνομα Κύριλλος.
Ο Κύριλλος, επειδή ήταν μικρός στην ηλικία και δεν επιτρεπόταν η διαμονή του στη Μονή, ασκήτευσε επί οκτώ έτη σε κάποιο χελανδαρινό μετόχι και σε ηλικία 22 ετών ταξίδεψε μαζί με άλλους δύο χελανδαρινούς μοναχούς στη Θεσσαλονίκη, όπου συνάντησε το χριστιανό θειο του. Κατερχόμενος από την περιοχή της Ακροπόλεως προς το λιμάνι της Θεσσαλονίκης μαζί με τον εξάδελφό του – γιο του χριστιανού θείου του -, συνάντησε τυχαία το μωαμεθανό κηδεμόνα του, ο οποίος παρά την παρέλευση πολλών ετών, αναγνώρισε τον Κύριλλο. Φώναξε αμέσως και άλλους μουσουλμάνους για να συλλάβουν τον Κύριλλο με την κατηγορία ότι, ενώ πριν είχε ασπαστεί το μωαμεθανισμό, στη συνέχεια τον αρνήθηκε και εξόμωσε.
Ο Κύριλλος οδηγήθηκε αμέσως στον Τούρκο δικαστή της Θεσσαλονίκης, ο οποίος επιχείρησε να τον πείσει να εγκαταλείψει τη χριστιανική πίστη και να ασπαστεί το μωαμεθανισμό. Όταν διαπίστωσε πως η προσπάθειά του δεν επέφερε κανένα αποτέλεσμα, διέταξε να τον οδηγήσουν στη φυλακή σκοπεύοντας να εκφέρει την απόφαση του την επόμενη μέρα.
Την άλλη ημέρα ο Κύριλλος οδηγήθηκε και πάλι στο δικαστή, ο οποίος προσπάθησε για δεύτερη φορά να τον μεταπείσει με υποσχέσεις η με απειλές, αλλά όταν διαπίστωσε ότι η προσπάθειά του ήταν μάταιη, τον καταδίκασε σε θάνατο δια πυρός. Ο Κύριλλος οδηγήθηκε από το εξαγριωμένο πλήθος των φανατισμένων τούρκων και των δημίων του στον τόπο της καταδίκης του, στο παλαιό βυζαντινό Ιπποδρόμιο της πόλεως, κοντά στο ναό των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης, ο οποίος μνημονεύεται στο συναξάριο της Ακολουθίας του Οσιομάρτυρος Κυρίλλου για πρώτη φορά.
Ο Τούρκος ύπαρχος επιχείρησε για τελευταία φορά, όπως συνηθιζόταν, να μεταπείσει τον Κύριλλο, προσφέροντάς του υλικές ανέσεις και απολαύσεις, αλλά ο Κύριλλος της αρνήθηκε, λέγοντας πως για αυτόν μοναδικός πλούτος ήταν ο Χριστός. Κατόπιν τούτων ο έπαρχος έδωσε εντολή στους δημίους να ρίψουν τον Κύριλλο στην πυρά, η οποία αποτέφρωσε το σώμα του στις 6 Ιουλίου του 1566 μ.Χ.
Ιδιαίτερα αξιόλογη είναι η τελευταία πληροφορία που παρέχει το συναξάριο του Οσιομάρτυρος Κυρίλλου:
«Επεί γαρ ήμελλε τη φλογί δαπανηθήναι το σύνολον, κυνών οστά τεθνηκότων εγείραντες, έστι δε και ους θνησιμαίους, τη πυρά εναπέρριψαν ένθεν τοι το μεν του μάρτυρος σώμα τω πυρί καταναλωθέν, ωσεί σποδός εγένετο…».
Τη μαρτυρία αυτή επιβεβαίωσε η ανακάλυψη μίας πήλινης λάρνακας, η οποία περιείχε υπολείμματα οστών και υφάσματος αναμειγμένα με τέφρα, και βρέθηκε στα θεμέλια του παλαιού ναού των Αγίων Κωνσταντίνου και Ελένης της Πλατείας Ιπποδρομίου το 1972 μ.Χ., μετά την κατεδάφισή του για την ανέγερση του νέου ναού στη θέση του. Ο συνδυασμός του σημαντικού αυτού ευρήματος με τη μαρτυρία του Συναξαρίου, συγκλίνει καθοριστικά στην απόδοσή του στον Οσιομάρτυρα Κύριλλο το Θεσσαλονικέα.
