Δείγμα της πολιτισμικής άνθησης του νησιού, η Απείρανθος, ένα από τα ομορφότερα και πιο χαρακτηριστικά χωριά της Νάξου, εκτός από τις γραφικές, κυκλαδίτικες εικόνες και εμπειρίες που προσφέρει στους επισκέπτες της διαθέτει και πέντε εξαιρετικά μουσεία που αξίζουν την προσοχή των επισκεπτών, όχι μόνο του χωριού, αλλά ολόκληρου του νησιού.
Το Αρχαιολογικό Μουσείο «Μιχάλης Μπορδάνης» (τηλ. +30 22850 61725) βρίσκεται στην καρδιά του χωριού και οφείλει την ονομασία του στον εμπνευστή του, καθηγητή μαθηματικών Μιχάλη Μπαρδάνη. Στους χώρους του εκτίθενται περίπου 1.200 αντικείμενα κυρίως ευρήματα της πρωτοκυκλαδικής περιόδου, με τα περισσότερα από αυτά να έχουν ανακαλυφθεί στις νοτιοανατολικές ακτές του νησιού και τα διοικητικά όρια της Απειράνθου.
Πραγματικό στολίδι για το χωριό αποτελεί το Γεωλογικό Μουσείο «Πέτρος Πρωτοπαπαδάκης» (τηλ. 22850 61725), στο οποίο στεγάζεται μία από τις πλουσιότερες γεωλογικές συλλογές σε όλη την Ελλάδα. Περισσότερα από 2.000 δείγματα ορυκτών, μεταλλευμάτων, πετρωμάτων και απολιθωμάτων τόσο από την Νάξο, όσο και από άλλες περιοχές κεντρίζουν το ενδιαφέρον του κοινού.
Μικροί και μεγάλοι στο Μουσείο Φυσικής Ιστορίας θα έχουν την δυνατότητα να παρατηρήσουν από κοντά διάφορα εκθέματα της στεριάς και της θάλασσας, οι δύο κατηγορίες στις οποίες χωρίζεται το μουσείο, και να ανακαλύψουν τα θηλαστικά του Αιγαίου, την χλωρίδα και πανίδα της περιοχής. Επίσης, το μουσείο διαθέτει μια άκρως ενδιαφέρουσα απεικόνιση σκελετών των θηλαστικών και των αμφιβίων, καθώς και δύο ενυδρεία.
Μια διαφορετική εμπειρία θα ζήσουν όσοι επισκεφτούν το Λαογραφικό Μουσείο «Γιάννης Κατεινάς» καθώς σε αυτό θα γίνουν κοινωνοί όλων των επαγγελμάτων καθώς και των αντικειμένων εργασίας του νοικοκυριού των τελευταίων αιώνων. Το μουσείο ιδρύθηκε το 1986, μετά από πρωτοβουλία του Μανώλη Γλέζου και βρίσκεται στην πλατεία του χωριού.
Εκτός από τα εκθέματα –χειροποίητα εργαλεία, αγροτικά αντικείμενα, αργαλειός και υφαντά, το παραδοσιακό κρεβάτι με την κούνια του μωρού, πήλινα αντικείμενα, έργα τέχνης απλών ανθρώπων κ.α.– υπάρχουν και αντικείμενα προς πώληση για την ενίσχυση του μουσείου όπως βιβλία, αντίγραφα έργων ζωγραφικής Απειραθιτών, πήλινα αντικείμενα κ.α.
Τέλος, στο Μουσείο Εικαστικών Τεχνών, εκτίθενται έργα 75 Απεραθιτών εικαστικών αλλά και καλλιτεχνών από όλη την Ελλάδα.