Πρωτεύουσα του νησιού είναι η Σκύρος ή Χώρα, στην ανατολική ακτή, που αγναντεύει το Αιγαίο πάνω από τον λόφο του κάστρου, όπου είναι χτισμένη. Στην κορυφή βρίσκεται το μοναστήρι του Αγίου Γεωργίου ενώ στη Χώρα διασταυρώνονται λιθόστρωτα σοκάκια που περνούν από λευκά σπίτια με σκαλιστά σκυριανά έπιπλα και κεραμικά. Εντυπωσιακή είναι η θέα από την πλατεία με το άγαλμα του Βρετανού φιλέλληνα Ρούπερτ Μπρουκ.
Η Σκύρος είναι στο μεγαλύτερο μέρος της ορεινή, ειδικά στα νοτιοανατολικά όπου βρίσκονται τέσσερα βουνά της. Στα δυτικά σχηματίζονται οι όρμοι Καλογριάς, Πεύκου, Αγίου Νικολάου και Τριστόμου. Στη δυτική ακτή βρίσκεται και το λιμάνι του νησιού, η Λιναριά. Εννοείται πως το σήμα κατατεθέν του νησιού είναι τα περίφημα σκυριανά αλογάκια, που σήμερα αποτελούν προστατευόμενο είδος.